轩辕黄帝对巫族九黎部落残杀人族，抢夺人族生存空间一事，十分气恼，遂顺应民意，征召各路诸侯兵马讨伐九黎部落。
人族虽然已显大兴之兆，修行的人族也越来越多，可凡人界灵气不足，修行有成的人却是不多，因此轩辕带领人族讨伐大巫蚩尤的争战一直进行了十五年，也未能打败蚩尤，无奈之下，轩辕黄帝只好退兵。
十五年的争战，消耗了人族大量的物资，也损失了数十万人的性命，然而十五年下来，战争却仍然没有结果，这让轩辕黄帝忧心仲仲，日夜盼望能有贤哲辅佐他，以消灭蚩尤，结束战事，把精力放在发展生产上。
就在轩辕皇帝最为烦心的时候，门外有将士通传，风火岛红云圣人门下弟子十人齐至，请见人皇。
这轩辕一听，心中大喜，知红云圣人与人族有大渊源，曾教授人族生存之技艺，如此人族才得以生存发展下来，此时圣人派人前来，怕是争战之事将有结果，急忙带领众多诸候首领，跑出营仗来迎接公明等人。
轩辕出了营仗，看到公明等人，带领众人倒地就拜道：“人族轩辕恭祝红云圣人万寿无疆，人族得红云圣人僻护，传授生存之技能，方能繁衍至今，我等于肺腹之内感圣人大德。”公明等人见轩辕带领人族行如此大礼，俱思这人族却是知恩，难怪老师这等偏护与他，心下虽然满意，却也不好过份折损这轩辕。
公明为众人之师兄，急忙向前扶起轩辕道：“人皇且末如此，家师并未至此，不至行此大礼，只是家师知人族与九黎之族争战，有此难关，今天机已现，故派我等前来，助人皇了结此争战，还人族之大兴。”公明这话一说，轩辕心里这个美呀，想什么来什么，正愁争战之事，却有圣人门下上门来帮助解决，想来是天佑人族。
不及细想，急忙将公明等人请进营仗之内，命人摆下酒宴，为公明等人接风洗尘。
公明等人虽有莫大神通，却对排兵布阵一事知之甚少，知之为知之，不知为不知，这是老师早就教导过的，故当轩辕让公明坐那帅位之时，公明很有自知之明，言道自己等人不曾懂得排兵布阵，对战场的大势了解不多，凭借一些神通武力，于战场之上做一番争斗可以，但让自己等人执掌全军却是力所不及，遂推了轩辕好意，称若有所遣当不负众望。
轩辕见公明不肯执掌帅位，知众人乃德行高尚之人，也不作做，连年的大战，让人族苦不堪言，早些时日结束此战，却是为今后的发展打好基础。
所以轩辕黄帝以风后为相，主持后勤供应，以力牧为统兵大将，分兵四路开始大举进攻蚩尤，蚩尤为巫族九黎部落首领，凶猛骠悍，共有九九八十一个兄弟，个个人面兽身、铜头铁额、四目六臂、头生双角，平日里以沙石、铁块为食，善于制造兵器，并且神力过人，此时蚩尤听说黄帝集人族全族之力，再次兵分四路进攻九黎部落，心中大恨，急忙召集了部落中的巫众和山林水泽间的魑魅魍魉等鬼怪，组成大军，向黄帝的进攻发起了反击。
很快，双方在涿鹿摆开了阵势。蚩尤是巫族，巫族天生擅长操控天地间的力量为自己所用，面对黄帝的进攻，蚩尤摆出了毒雾阵，把黄帝的军队围困起来。
这下，可让黄帝犯起愁来，与这蚩尤尚未交战，就被四面八方的浓雾所笼罩，兵将们连东南西北都分不清，这仗还怎么打呢？
无奈之下，黄帝只好到后帐找到公明，上得前来先行一礼道：“道友，这蚩尤乃是巫族，天生能操控天地间的力量为其所用，这营仗四周俱是毒雾，我之将士出了大营，即不分南北，这可如何是好，还望道友为轩辕解惑。”公明一听，也是犯愁，自己兄弟虽然自幼修行，却是不曾能控制这天地气象，轩辕来问自己，自己却解决不了，这如何是好，当下陷入沉思之中，苦苦思虑解决之办法。
正在为难之际，只听苍颉说道：“师兄，老师赐我日月棱，形如日月，我自祭炼之时，见其日总为东方，其月总于西方，如此我等可以此为鉴，制造一物事，指定南北，不就可以辨明方向了吗？”公明一听大喜，取了日月梭查看其日月旋转之特性，并遂将旋转之规律记录下来，制成了指北车，送与黄帝，黄帝以指北车为指引，出动大军，一举打破蚩尤的毒雾封锁，一番大战，斩敌数万，黄帝取得了交战以来的第一场胜利，全军士气一时大增。
可是第二天，黄帝再次派兵出战之时，蚩尤却派出了魑魅魍魉前来作战，这些魑魅魍魉乃是鬼怪，虽然没有什么大法力，但样子长的恐怖吓人，人族兵将不敢与其交战，纷纷退了回来，陆压见人族兵士不战而退，知道害怕这些鬼怪，轻轻一笑，于腹中吐出太阳真火，向这些鬼怪喷去，这些鬼怪哪敢招惹太阳真火，见火打来，纷纷跑的无影无踪。
蚩尤见毒雾和鬼怪都挡不住黄帝大军，心中一急，带着八十一名弟兄，和风伯、雨师杀向黄帝，公明等人见蚩尤杀了过来，将云霄三姐妹和女织留在中军守护黄帝，自己带几个师弟直奔战场而去，这一战直杀的天昏地暗，日月无光，六耳手舞一气风雷棍，上下翻飞，巫族虽然强悍，但那能禁得住二万四千斤的敲打，一个个被六耳打的血肉横飞，死于非命。
眼看着蚩尤大军将败，只见双方交战的山脚之下空然窜出一支大军，这大军却是向黄帝的中军而去，如果中军被破，那么这场战阵也自是失败，公明一见心中着急，运转虚无之法挡在了中军大帐之前。
公明提着两条蛟龙金鞭立于大帐之前，黄帝分兵与公明之后，四面八方的巫众不断的杀到眼前，一时之间敌众我寡，公明见此阵危险，强做镇定，高场叫道：“来的九黎部落将军，可敢与我一战。”只见一个巨人，左手握着长方形的盾牌，右手拿着一柄闪光的大斧，跳将出来，高声叫道：“某乃大巫刑天，谁可与我一战。”公明也不答话，提鞭上前，便与这刑天战在了一起，这巫族的力量真乃强悍，公明修行数千年，一时之间，与这刑天居然战了个不相上下，心中暗暗为这刑天叫好，知巫族敬重力量，也不好用法宝打他，就这样你来我往，斗个不相上下，公明有心拿这刑天练手，可是刑天却也知道如再不拿下黄帝，这九黎一族将全军复灭，心中所想，拼着让出后背，被公明打上一鞭，身形却冲向了黄帝，举起手中巨斧就向黄帝砍去，就在公明懊悔之时，只见天空之中射出一柄巨剑，闪着寒光，一剑将刑天的头砍下，却是羽翼见刑天杀向黄帝，祭起了龙凤剑，方才见功。
众人见斩了刑天，来不及高兴，护着黄帝，继续观察战事，谁知这刑天，头虽被砍下，身体却再次立了起来，赤裸着上身，把两乳当作眼，把他的肚脐当作口，举起大斧又向战阵冲来，一身杀气直冲天际，云霄见状，知不用大法杀不退刑天，当下祭起金蛟剪，只见两条蛟龙腾空而起，头交头如剪，尾交尾如股，一道金光闪过，刑天却是被剪成两截，再也站不起来了。
黄帝还是害怕刑天再次冲起，想要砍碎刑天的尸体，被公明拦住，让兵士深挖了一个坑，将刑天深埋了。
没有了刑天的冲阵，蚩尤的九黎部落，早已溃不成军，一番撕杀之后，蚩尤的八十一个兄弟，都已战死，风伯、雨师，也重伤不治。
最后，蚩尤被黄帝活捉，这蚩尤却是硬气，立而不降，黄帝一时气恼，要杀了蚩尤祭奠死去的将士，可这蚩尤肉体精悍，刀削不坏，斧砍不破，黄帝正在无奈之间，天空之中飞下五匹龙马，黄帝将蚩尤套于五只龙马之上，这样，蚩尤被五马所分尸，埋与大陆各处。
逐鹿之战以人族大胜而终止，人族从此进入了治世时代。