巫妖决战由太一和天吴、翕兹两支先锋部队率先拉开序幕。巫妖二族其他几路大军也相继进入了交战状态。天帝帝俊带领中路大军五百余万直插十二祖巫殿，行至半途也与玄冥、强良、祝融、奢比尸、蓐收所带领的千万巫族大军相遇。
帝江想用重兵先除掉帝俊，打个妖族群龙无首，再一鼓作气，彻底消灭妖族，因此在派兵之时，针对帝俊所在的中路加强了部署，派出了五名祖巫，千名大巫。巫族双方乍一见面，也不废话，直接开战，帝俊在双方阵列之中以三百六十五部周天星将为阵势，先行布下周天星斗大阵，做成守势，依护全军，召令穷奇、诸犍带领妖兵妖将于阵内运转元神，聚集戊已神雷，不停的向巫族打去，一时之间，无数的戊已神雷向巫族打去，这天空之中落下的戊已神雷让巫族防不胜防，无奈之下，四名祖巫只得让各大巫带领巫众顶着戊已神雷向前冲，不过这些祖巫之中有强良这个雷之祖巫，而且强良部落的巫众也俱能操控天雷，天雷打在强良部落巫众身上，损失却是不大，所巫族以强良带领部落巫众打前站，其他部落巫众为后援，一路不停向周天星斗大阵杀来，帝俊一见，巫众能防住雷击，却是早有准备，高举斩巫剑，轻轻向前一指，只见妖族大圣诸犍带领导百万妖兵，分上、中、下三层，手执强弓硬弩，百万支利箭似一条光带般带着无穷的杀气向巫族而去，一瞬间就将强良部落巫众射杀过半，再一瞬间，又是百万利箭齐发，将这强良部落巫众杀的一个不剩。
“啊，该死的妖族，敢杀我巫众，定将你碎尸万段。”强良一看自己部落死亡怠尽，一时暴跳如雷，高叫一声就向妖族战阵冲去，这玄冥想要拦下却是不及，只得也带着本部巫众随强良向妖族战阵而去，强良和玄冥终究是祖巫，巫力强劲，肉身强悍，实力比帝俊相差无几，妖族利箭对二祖巫来说丝毫不起作用，二祖巫双手执刃，左挡右架，杀死妖兵妖将无数，终于冲起了妖族战阵。
帝俊见强良、玄冥二祖巫冲进战阵，也不紧张，嘴角阴阴的一笑暗道：“就怕你不来，你若来了，定叫你回不去。”高叫一声“周天星斗大阵，起。”三百六十五部周天星将随着帝俊一声令下，齐齐运转法力，发动了周天星斗大阵。这周天星斗大阵自巫妖初战时帝俊用过一次，效用已然非凡，打时打的天吴毫无还手之力，战后帝俊回转天庭，再一次对大阵进行了改良和加强，从前是将自己加河图洛书为阵眼，现在却是将自身转变成三百六十五位星将，星将执帝俊所祭炼的星辰幡，用星辰幡来集聚三百六十五位星将之力，发动周天星斗大阵，威力更比往昔。
强良和玄冥只觉一阵光芒闪过，感到自已然到了洪荒星空中，四周全是偌大的洪荒星球，星力四射，自己被星阵所困，再也分不清方向，心中急怒，俱挥舞双刃身周天星辰一阵乱打，却不得而出，而在玄冥身后的巫众只觉得眼前一道星光亮起，随即就感到洪荒星空巨大星辰之力的拉扯，这近百万巫族巫力较低，那能受得了星辰之力的如此攻击，瞬间便纷纷被星辰之力绞的粉碎。
帝俊一边指挥周天星将布防星斗大阵，一边指挥穷奇、诸犍用利箭顶住巫众的进攻，自己祭起斩巫剑，偷偷的入了大阵，这斩巫剑也是帝俊自巫妖初战后，针对巫族肉身强悍的特点，采星砂、精金、玄铁等材料，集星辰之力耗去数百年时间才祭炼成功，巫族没有元神，故此剑不是法宝，只是一件兵器，锋利异常，专破肉身，任你巫族肉体再是强悍也难逃一剑。
帝俊入了大阵，将自身隐于星空之中，悄悄的来到强良身后，高举斩巫剑一剑向强良头上砍去。强良在星斗大阵中分不清方向，气得向周围偌大星球一阵乱打，只打的星辰破碎，却无济于是。正在气的毫无办法之时，只感觉脑后直冒凉风，暗道一声：“不好。”急忙向左闪去，可是已然完了，帝俊的斩巫剑已经劈了下来，一剑下去，把强良的右侧连膀带臂一起砍下，痛得强良啊啊的嚎叫不已，急忙寻找攻击自己的目标，可是周围仍然都是星辰，那里找得到呢。正在自己暴跳如雷之时，又是一剑砍下，这下砍的这个准呀，直把强良从头到脚分成两半，身死的强良巫力尽散，被周天星斗大阵绞个粉碎。帝俊砍完强良，再次隐于阵中，伺机猎杀玄冥。
祝融、奢比尸和蓐收听到强良痛叫不已，不长时间后却再也听不到声音，知道强良凶多吉少，心中也是大急，怕困在周天星斗大阵中的玄冥也遭了毒手，三位祖巫齐跳出战阵，指挥本部巫众加紧向妖族进攻，七八百万巫众不计伤亡，不顾后果的巫众蜂涌而上，顿时让妖族两位大圣穷奇、诸犍压力大增，俱也知道如果巫族攻了过来，自己这五百余万妖兵将被杀的一个不留，遂也不再留手，一个指挥发放戊已神雷，一个指挥百万妖兵不停的向进攻的巫众放箭。巫族也是好战，热血洒出不但不怕，却越来越兴奋，踩着自己兄弟的尸体身前冲着，不一时就硬顶着利箭和戊已神雷冲了上来，虽然损失颇为惨重，却仍是士气高昂，杀气腾腾。
帝俊见巫族已然杀了过来，不得不放下暗杀玄冥的好机会，退出周天星斗大阵，指挥数百万妖兵妖将冲了出去，和巫众混战在了一起，刚刚布置完毕，祖巫祝融、奢比尸和蓐收带领数百位大巫打破了三百六十五员周天星将所布的星斗大阵，将玄冥救了出来，见找不到强良，俱知强良已然身死，不由心中大恨，四人带领数百位大巫将帝俊层层围住，帝俊见了此势，心中俱是明了，知今日恐不能善了，心下一狠，将指挥权交强穷奇，以河图洛书为阵眼，展开三百六十五柄星幡，再次布上周天星斗大阵，将四位祖巫与数百大巫都困在星斗大阵中，三百六十五颗星球犹自慢慢旋转，不停发出周天星力向阵内的祖巫和大巫进行着攻击。祖巫巫力强劲，可以不惧周天星力的攻击，自保有余，可这数百大巫却是受不这星力的一点一点侵蚀，不长时间就有数十名功力稍低的大巫被星力绞碎，化身灰灰。
祝融等四位祖巫看到不断有大巫身死，心中一急，俱不要命的向这三百六十五颗星辰打去，直将这三百多颗星球打的破烂不堪，周天星斗大阵被破只是时间问题。此时，帝俊的心已被仇恨所蒙，一心要将这些祖巫、大巫消灭在周天星斗大阵中，可是眼见着这些星辰就要破碎，河图洛书的灵力消耗太大，自己的功力也是将要耗尽，心里也是阵阵无奈，自知如果这些祖巫、大巫冲出阵来，包括自己在内的所有妖族一个也活不了，无奈之下，帝俊心中一狠，一边压住阵势，一边传令穷奇、诸犍，由穷奇准备带领妖兵妖将后退，退回不周山南天门；诸犍作抵挡，阻止巫族进攻，让更多的妖兵能退去。又告之穷奇，从今以后，天庭一切号令由东皇太一所掌，定让太一聚起所有妖兵杀尽巫族，以报今日之仇。这穷奇听帝俊已然交待后事，眼中含泪答应下来，急忙收拢妖兵，准备撤回不周山南天门。
帝俊交待完一切，心中生起一股绝然之气，运转全身功力，放出周天星力，将全部劲力都打到这周天星斗大阵之中，这气势是越升越大，阵阵的威压向阵内的祖巫和大巫压去。祝融忽然感到周天星斗大阵中压力骤强，急忙高叫道：“快，快打破这星阵，帝俊要自爆元神。”说着伸手向旁边的周辰打去，可是一切已然晚了，帝俊的气势已然升到极点，只见周天星斗大阵中腾起阵阵金光，轰隆之声不绝于耳，一颗颗偌大星球一起爆裂，却是帝俊以自身元神为基引爆周天星斗大阵，饶是祖巫肉身强悍也抵不住星球的爆炸，四位祖巫加几百名大巫随着帝俊自爆元神一起化为灰烬。
“陛下，啊，陛下。”穷奇、诸犍见帝俊自爆元神，与众祖巫同归与尽，心中大痛，高声叫喊不已，穷奇急忙收拢妖兵，准备后撤；诸犍配合着穷奇带着妖兵继续抵抗巫众的进攻，为穷奇争取时间。这战场之上的二百多名星将见帝俊已然身死，心中暴怒，冲入战阵是杀个不停，一名受了重伤的星将见自己已然不活，用尽最后一丝力气，身形一纵却是冲进了巫众的中心，一声轰响，自爆而亡，炸死巫众无数。这星将一起头，战场之上，轰响之声绝于耳，二百多星将一个接一个的跳进巫众之中，自爆元神，硬是将巫众的队形炸的七零八落，再也发不起攻击了。穷奇、诸犍急忙带着残存的妖兵妖将慢慢的退去。
这一战，历时数月方止，帝江安排的五位祖巫、千名大巫成功的阻杀了天帝帝俊，却也致使五位祖巫和数百位大巫给帝俊做了陪葬，帝俊所带领的五百万兵马除存活两位大圣和不足五十万的妖兵外，其余全部战死。而巫族五位祖巫殒落，千名大巫余数十人，千万巫众也不过残存百余万，这一战可谓是异常惨烈。至此，巫妖之战进入了不死不完的战局。